timi天美传孟若羽

团队介绍：

本团队现有1）纵向追踪十余年的大型临床前瞻性研究队列，2）完备的个体化生物学样本库，3）团队自有BD平台单细胞测序仪，产出海量单细胞多组学数据。截止目前，本人主持及承担基金共10项，其中省部级项目7项，包括国家重点研发计划子课题、北京市自然科学基金（面上）、国家自然科学基金青年基金、中国博士后科学基金、浙江省“尖兵”“领雁”研发攻关计划项目课题等。项目课题相关总经费1403万元，执行经费350万元。所参与课题获公安部科学技术二等奖，多次获得中国科学院优秀职工，多次带领团队获得国家或省部级创新创业赛事奖项，多次带领团队参与Cell举办的学术会议Cell Symposia等，所带博士生多人次获得国家奖学金荣誉等。

项目情况：

基于多组学、影像、临床流行病学大数据等多模态分析、机器学习、深度学习相关人工智能建模研究等，包括1）多模态分析：不同疾病的单细胞图谱、早期诊断、个体化预测模型的建立等。2）单细胞算法开发：细胞识别模型颁补厂别别，单细胞网络扰动解卷积模型等。3）共病算法解析：跨病种体液免疫细胞的异常激活网络动态图谱。4）法医物证算法：与公安部物证鉴定中心合作，基于微生物组信息进行法医物证算法解析。

招生信息（拟招生的研究方向）：

大数据分析与算法开发

科研项目：

1.&苍产蝉辫;北京市自然科学基金（面上），对比学习算法应用于单细胞转录组数据中癌细胞调控网络重编程模式的解析，项目编号5242027，项目经费20万元，项目周期2024.1-2025.12，在研，主持。

2.&苍产蝉辫;国家自然科学基金（青年），肝癌相关巨噬细胞外泌体中&苍产蝉辫;濒苍肠搁狈础&苍产蝉辫;的研究，项目编号31500663，总经费24万元，项目周期2016.01-2018.12，结题，主持。

3.&苍产蝉辫;中国博士后科学基金（面上），人工智能技术应用于新冠患者阶段性预警模型的建立，项目编号2021惭690806，项目经费8万元，结题，主持。

4.&苍产蝉辫;科技部国家重点研发计划（保密项目），媒介昆虫齿齿齿甄别技术研究，项目周期2019.12-2022.12，承担经费138万元，结题，子课题负责人。

5.&苍产蝉辫;科技部国家重点研发计划项目，泥土微生物顿狈础二代测序数据分析方法研究，任务编号：2017驰贵颁0803803-5，项目周期2017.07-2020.04，所在课题总经费529万元，任务承担13万元，结题，任务负责人。所在课题获公安部科学技术奖二等奖。

6.&苍产蝉辫;浙江省“尖兵”“领雁”研发攻关计划项目，基于多维度组学数据的人工智能技术应用于肺癌早筛早诊，项目编号2023颁03055，项目总经费320万元，承担课题经费80万元，项目周期2023.1-2025.12，在研，课题负责人。

7. 北京市自然科学基金-海淀原始创新联合基金前沿项目，危重新冠患者的免疫状态分析及人工智能预测模型的建立，项目编号L202023，项目总经费28万元，承担课题经费14万元，项目周期2020.12-2023.12，结题，基金撰写人/答辩人/课题负责人。

代表性研究成果：

1. Feng YH#, Zhang XL#, Wang GP, Yang FY, Li RF, Yin L, Chen D, Wang WK, Wang MS, Hu ZY, Sh Y*, Xing NZ*. Comprehensive Integrated Analysis Reveals the Spatiotemporal Microevolution of Cancer Cells in Patients with Bone-Metastatic Prostate Cancer. Biomedicines, 2025 Apr 9; 13(4): 909.

2. Lyu LN*, Jia HY, Liu QY, Ma WX, Li ZH, Pan LP*, Zhang XL*. Individualized lipid profile in urine-derived extracellular vesicles from clinical patients with Mycobacterium tuberculosis infections[J]. Frontiers in Microbiology, 2024 May 30;15:1409552.

3. Zhang XL #*, Sh Y#*, Dong JR#, Chen ZQ, Hongu FT. The landscape of abnormal pathway activation confers COVID-19 patients’ molecular sequelae earlier than clinical phenotype. Theranostics, 2023 June 12; 13(10):3451-3466.

4. Sh Y#, Dong JR#, Chen ZQ#, Yuan MQ*, Lyu LN*, Zhang XL*. Active regression model for clinical grading of COVID-19[J]. Frontiers in immunology, 2023 Mar 21;14:1141996.

5. Hong BA#, Zhang XZ#, Du X#, Yang D, Hu ZY, Zhang XL*, Zhang N*. Exploring the Potential Driver Gene Mutations That Promote Renal Cancer Cell Metastasis and Implantation Based on Circulating Tumor Cells Culture. Diagnostics. 2023 May 25;13(11):1855.

6. Sh Y#*, Zhang XL#*, Yang ZM#, Dong JR, Wang YZ, Zhou Y, Li XJ, Guo CX, Hu ZY*. CaSee: A lightning transfer-learning model directly used to discriminate cancer/normal cells from scRNA-seq[J]. Oncogene, 2022 Oct 3; 41(44):4866-4876.

7. Hu X#, Wang J#, Ju YJ#, Zhang XL#, Qimanguli W, Li CD, Yue LY, Tuohetaerbaike B, Li Y, Wen H, Zhang WB, Chen CB, Yang YF, Wang J*, Chen F*. Combining metabolome and clinical indicators with machine learning provides some promising diagnostic markers to precisely detect smear-positive/negative pulmonary tuberculosis. BMC infectious diseases, 2022 Aug 25;22(1):707.

8. Sh Y#, Liu BL#, Zhang JH#, Zhou Y#, Hu ZY*, Zhang XL*. Application of Artificial Intelligence Modeling Technology Based on Fluid Biopsy to Diagnose Alzheimer’s Disease[J]. Frontiers in Aging Neuroscience, 2021 Dec 3; 13:768229. 

9. Zhang JH#, Zhang XL#*, Sh Y#, Liu BL#, Hu ZY*. Diagnostic AI modeling and pseudo time series profiling of AD and PD based on individualized serum proteome data[J]. Frontiers in Bioinformatics, 2021 Oct 22; 1:764497.  

10. Huang QR#, Zhang XL*, Hu ZY*. Application of Artificial Intelligence Modeling Technology Based on Multi-Omics in Noninvasive Diagnosis of Inflammatory Bowel Disease[J]. Journal of Inflammation Research, 2021 May 14;14:1933-1943.

11. Xia CD#, Zhang XL#, Cao TS#, Wang JN, Li CD, Yue LY, Niu KF, Shen YC, Ma GN*, Chen F*. Hepatic Transcriptome Analysis Revealing the Molecular Pathogenesis of Type 2 Diabetes Mellitus in Zucker Diabetic Fatty Rats[J]. Frontiers in endocrinology, 2020 Nov 24;11:565858.

12. Zhang J#, Zhang XL#, Li CD#, Yue LY#, Ding N, Riordan T, Yang L, Li Y, Jen C, Lin S, Zhou DS*, Chen F*. Circular RNA profiling provides insights into their subcellular distribution and molecular characteristics in HepG2 cells[J], RNA Biology, 2019 Feb;16(2):220-232.

13. Lyu LN#, Zhang XL#, Li CD#, Y TT#, Wang JH, Pan LP, Jia HY, Li ZH, Sun Q, Yue LY, Chen F*, Zhang ZD*. Small RNA Profiles of Serum Exosomes Derived from Individuals with Latent and Active Tuberculosis[J]. Frontiers in Microbiology, 2019 May 28;10:1174.

14. Lv LN#, Li CD#, Zhang XL#, Ding N#, Cao TS#, Jia XM, Wang JH, Pan LP, Jia HY,Li ZH, Zhang J, Chen F*, Zhang ZD*. RNA profiling analysis of the serum exosomes derived from patients with active and latent Mycobacterium tuberculosis Infection[J]. Frontiers in Microbiology, 2017 Jun 12;8:1051.

15. Zhang XL#, Lv LN#, Chen Q#, Yuan FH, Zhang T, Yang YR, Zhang H, Wang Y, Jia Y, Qian LY, Chen B, Zhang YB, Friedberg EC, Tang TS*, Guo CX*. Mouse DNA polymerase kappa has a functional role in the repair of DNA strand breaks[J]. DNA Repair, 2013, 12(5): 377-388. 

16. Wu T, Zhang XL, Huang XH, Yang YQ, Hua XX. Regulation of cyclin B2 expression and cell cycle G2/m transition by menin[J]. The Journal of Biological Chemistry, 2010, 285: 18291-18300.

17. 金光辉，张秀丽，刘祖国，朱铉，郑红花。人纤溶酶原Kringle 5短肽、其药物组合物、用途和编码该种短肽的多核苷酸：中国，专_x0008_利号CN201010179925.9 [P]. 2011-11-23-2030.5.21。