timi天美传孟若羽

团队介绍：

冀培丰，研究员，博导，timi天美传孟若羽长聘副教授。研究方向为前沿组学技术研究，包括：宏基因组、环形RNA、单细胞和空间多组学相关的实验和算法开发。迄今以第一及通讯作者（共同）在Cell, Nature Methods, Genome Biology, Nature Communications, Genome Medicine, Cell Genomics, Nucleic Acids Research等国际学术刊物上发表研究论文16篇。研究成果入选“2023中国生物信息学十大进展”。中国生物物理学会肠道菌群分会委员，中国胰腺病学会会员。

项目情况：

项目团队开发了一系列计算生物学算法，用于高通量测序数据处理过程中遇到的各类问题。在单细胞和空间组学研究领域，我们建立了单液滴分辨率的细胞外小囊泡检测算法（SEVtras，Nature Methods 2024）和基于深度学习的空间蛋白组重构算法（Flow2spatial，Cell 2025）。在环形RNA研究领域，我们建立了多种识别和定量算法，如基于二代测序数据的全长环形RNA的重建方法（CIRI-full，Genome Medicine 2019），环形RNA的精确定量算法（CIRI-quant，Nature Communication 2020），基于Nanopore的环形RNA全长转录本的实验和计算方法（CIRI-log，Nature Biotechnology 2021），高通量潜在功能性环形RNA的筛选方法（Cell Reports 2019）和环形RNA的筛选和功能分析平台（circAtlas 2.0）等。此外，在微生物组学研究领域，我们还建立了基于单细胞技术的宏基因组组装算法（MetaSort，Nature Communications 2017），细菌基因组和转录组重构工具（inGAP-sf，Nucleic Acids Research 2017；inGAP-CDG，Genome Biology 2016）。这些工作基础为本项目算法开发提供了坚实的计算方法学支撑。

招生信息（拟招生的研究方向）：

肿瘤基因组学

医学生物信息

单细胞时空组学

科研项目：

[1] 中国科学院前瞻战略科技先导专_x0008_项（础类），齿顿础0460302，时空多模态数据融合解析算法体系，2024/7-2028/9，210万，任务负责人；

[2] 国家自然科学基金面上项目, 32470714, 基于单细胞全转录组测序技术解析胞外小囊泡异质性及其介导的细胞通讯，2025/1-2028/12, 50万，主持；

[3] 国家重点研发计划专_x0008_项，2022驰贵颁2703200，特殊染色体结构重排笔骋罢的建立，2022/12-2025/11，80万，参与；

[4] 国家重点研发计划专_x0008_项，2021YFA1301004 , 中国健康人群微生物组及表型特征解析，2022/1-2026/12，500万，课题负责人；

[5] 国家自然科学基金面上，32071463 , 基于Nanopore测序的环形RNA数据挖掘方法，2021/1-2024/12，58万，主持；

[6] 国家自然科学基金重大研究计划，91951209 , 水圈微生物驱动地球元素循环的机制，2020/1-2023/12，76万，参与；

[7] 国家自然科学基金青年科学基金，31701148, 环形RNA全长转录本的重建和定量方法，2018/1-2020/12，23万，主持；

代表性研究成果：

[1] Ji P*, Wang N*, Yu Y*, Zhao F#. Single-cell delineation of the microbiota-gut-brain axis: probiotic intervention in Chd8 haploinsufficient mice. Cell Genomics. 2025. 5(2):100768. (Article, Q1, IF: 11.1)

[2] Hu B*, He R*, Pang K*, Wang G*, Wang N, Zhu W, Sui X, Teng H, Liu T, Zhu J, Jiang Z, Zhang J, Zuo Z, Wang W, Ji P#（共同通讯作者）, Zhao F#. High-resolution spatially resolved proteomics for complex tissues based on microfluidics and transfer learning. Cell, 2025. 188(3):734-748. (Article, Q1, 5-Year IF: 49.1)

[3] He R*, Zhu J*, Ji P#（共同通讯作者）, Zhao F#. SEVtras delineates small extracellular vesicles at droplet resolution from single-cell transcriptomes. Nature Methods. 2024. 21, 259-266. (Article, Q1, 5-Year IF: 45.6)

[4] An N*, Yang F*, Zhang G, Jiang Y, Liu H, Gao Y, Li Y, Ji P#（共同通讯作者）, Shang H#, Xing Y#. Single-cell RNA sequencing reveals the contribution of smooth muscle cells and endothelial cells to fibrosis in human atrial tissue with atrial fibrillation. Molecular Medicine. 2024. 30, 240. (Article, Q2, 5-Year IF: 6.0)

[5] Yu Y*, Zhang B*, Ji P*, Zuo Z, Huang Y. Wang N, Liu C, Liu S, Zhao F#. Changes to gut amino acid transporters and microbiome associated with increased E/I ratio in Chd8(+/-) mouse model of ASD-like behavior. Nature Communications. 2022. 13, 1151. (Article, Q1, 5-Year IF: 17.0)

[6] Wu W*, Ji P*, Zhao F#. CircAtlas: an integrated resource of one million highly accurate circular RNAs from 1070 vertebrate transcriptomes. Genome Biolology. 2020. 21, 101. (Article, Q1, 5-Year IF: 17.433)

[7] Zheng Y*, Ji P*, Chen S*, Hou L, Zhao F*. Reconstruction of full- length circular RNAs enables isoform-level quantification. Genome Medicine. 2019. 11, 2. (Article, Q1, 5-Year IF: 12.919)

[8] Ji P*, Wu W*, Chen S*, Zheng Y, Zhou L, Zhang J, Cheng H, Yan J, Zhang S, Yang P, Zhao F#. Expanded Expression Landscape and Prioritization of Circular RNAs in Mammals. Cell Reports. 2019. 26, 3444-3460 e3445. (Article, Q1, 5-Year IF: 10.394)

[9] Shi W*, Ji P*, Zhao F#. (2017). The combination of direct and paired link graphs can boost repetitive genome assembly. Nucleic Acids Research. 2017. 45, e43 (Article, Q1, 5- Year IF: 10.727)

11. Ji P*, Zhang Y*, Wang J, Zhao F#. MetaSort untangles metagenome assembly by reducing microbial community complexity. Nat Communications. 2017. 8, 14306 (Article, Q1, 5-Year IF: 13.691)

12. Zhang Y*, Ji P*, Wang J, Zhao F#. RiboFR-Seq: a novel approach to linking 16S rRNA amplicon profiles to metagenome. Nucleic Acids Res. 2016. 44, e99. (Article, Q1, 5-Year IF: 10.236)

13. Peng, G.^, Ji P*, Zhao, F.*. A novel codon-based de Bruijn graph algorithm for gene construction from unassembled transcriptomes. Genome Biology. 2016. 17, 232. (Article, Q1, 5-Year IF:13.554)